O valor dos charcos é frequentemente desconhecido ou até depreciado pela população em geral, mas na verdade apresentam uma importância ecológica e funções ambientais muito relevantes.
Biodiversidade
Alguns estudos mostram que o conjunto de charcos do planeta alberga mais biodiversidade do que os rios e lagos, bem como um maior número de espécies raras e ameaçadas. Muitas plantas aquáticas e animais (como anfíbios e macro-invertebrados) estão totalmente dependentes destes habitats para sobreviver ou reproduzir-se. Ao nível microscópico, inúmeras espécies de zoo e fitoplâncton ocorrem exclusivamente em charcos. Estas massas de água proporcionam também alimento e refúgio para numerosas espécies terrestres.
Reserva de água doce
Os milhões de charcos com menos de 10 hectares do mundo inteiro representam 30% da superfície mundial de água doce, constituindo um excelente instrumento na gestão da água ao nível local.
Sumidouro de carbono
Os charcos recolhem e armazenam largas quantidades de dióxido de carbono (CO2) da atmosfera, ajudando a regular o clima. Estudos recentes sugerem que, devido ao seu alto número e produtividade primária, os charcos a nível mundial podem armazenar tanto carbono com os oceanos.
Produtividade primária
Os charcos apresentam uma elevada produtividade primária (quantidade de matéria orgânica produzida pelas algas e plantas a partir da energia solar), constituindo meios muito importantes de entrada e transferência de energia para os níveis tróficos superiores e os ecossistemas circundantes.
Serviços ambientais
Os charcos têm importantes funções ambientais, como a amenização do efeito de cheias, a manutenção da humidade do solo em períodos secos, a purificação da água e o abastecimento dos aquíferos subterrâneos. Além disso, têm um papel importante ao nível da produção de oxigénio (fotossíntese das algas e plantas aquáticas), do ciclo de nutrientes, e da formação do solo.
Agricultura
Nos sistemas agro-pecuários tradicionais, os charcos têm funções importantes como bebedouros para o gado e associados a sistemas de rega.
Controlo de pragas
Algumas espécies que ocorrem em charcos, como os anfíbios e libélulas, ajudam a controlar pragas agrícolas ou insetos vetores de doenças.
Valor paisagístico
Os charcos e lagoas têm um importante valor estético e paisagístico, criando espelhos de água, que constituem espaços de contemplação e constituem elementos imprescindíveis nos parques e jardins modernos.
Valor educativo
Os charcos são importantes recursos educativos e no contexto do eco-turismo, pois permitem a realização de numerosas atividades de carácter lúdico-científico, como a observação de aves, anfíbios e outros animais, etc.
Valor científico
Os charcos são locais de estudo de excelência para numerosas áreas da ciência, como a biologia, geologia e hidrologia. Além da biodiversidade dos charcos e sua ecologia, dos ciclos de nutrientes, etc., também os sedimentos dos charcos podem fornecer informações importantes sobre a história do meio ambiente (registo de pólen e reconstituição do clima dos últimos séculos ou até milénios, vestígios arqueológicos, etc.).